สำนักงานผู้ช่วยทูตฝ่ายทหารเรือไทยในประเทศญี่ปุ่น มีขอบเขตหน้าที่ความรับผิดชอบต่างๆ ดังนี้
1. เป็นผู้แทนทางทหารของกองทัพเรือไทยในต่างประเทศ
2. เป็นที่ปรึกษาของเอกอัครราชทูต หรืออุปทูตเกี่ยวกับกิจการทหารเรือ
3. เป็นผู้แทนของกองทัพเรือในพิธีต่างๆ
4. เป็นผู้สังเกตการณ์และประสานงานด้านกิจการทหารเรือกับเจ้าหน้าที่ทางทหารของประเทศนั้น
5. ควบคุม ดูแล และช่วยเหลือบุคคลสังกัด กองทัพเรือ ที่ไปศึกษาหรือดูกิจการ ณ ประเทศที่ตนประจำอยู่
ให้เป็นไปตามนโยบายที่กองทัพเรือกำหนด
6. ส่งเสริมความสัมพันธ์ระหว่างกองทัพไทย กับกองทัพประเทศที่ตนประจำอยู่
7. เชื่อมความสัมพันธ์ผู้ช่วยทูตฝ่ายทหารของประเทศอื่นๆ ที่ประจำอยู่ ณ ประเทศนั้น
8. เป็นผู้แทนของกองทัพเรือในการจัดซื้อยุทโธปกรณ์ และสิ่งของตามความต้องการของกองทัพเรือ
เมื่อได้รับมอบหมาย
9. อำนวยความสะดวกให้แก่เจ้าหน้าที่ทางทหารที่จะเข้าไปยังประเทศที่ตนประจำอยู่ตามความเหมาะสม
10. ติดต่อประสานงานในการขอหรือให้ความช่วยเหลือทางทหารในกรณีที่ไม่มีหน่วยติดต่อช่วยเหลือ
ทางทหาร ประจำอยู่ ณ ประเทศนั้น
11. อำนวยการและกำหนดระเบียบในสำนักงานให้สอดคล้องกับนโยบายของกองทัพเรือ และกองบัญชาการ
ทหารสูงสุด
12. ปฏิบัติภารกิจในฐานะ กกล.สหประชาชาติ (ส่วนหลัง) UNC(R)
13. ปฏิบัติหน้าที่อื่นตามที่ผู้บังคับบัญชามอบหมาย